国税庁はこのほど、新設合併の際に登記遅れのために生じた１日だけの事業年度の損益の取扱いを明らかにする「新設合併等の登記が遅れた場合の取扱いについて」と題したＱ＆Ａを同庁ホームページ上で公表した。先日同庁が公表した2006年度税制改正に対応した法人税基本通達等の一部改正によれば、税務上の「合併の日」は、会社法の適用を受ける新設合併の場合は、新設合併設立法人の設立登記の日となっている。
そこで、３月決算法人２社が今年４月１日を合併期日として新設合併を行った場合、同日が日曜日のため翌２日に登記申請を行った場合には、２社は４月１日には存続したままで、翌２日付で新設法人にその権利義務が承継され解散されたこととなる。そうなると２社は、2006事業年度決算とは別に、2007年４月１日の１日だけのみなし事業年度の損益に係る決算を行い確定申告書の提出をしなければならなくなる。
しかし、当初から４月１日に登記申請をしようとしながら、たまたま行政機関の休日であったため登記申請ができず、やむを得ず翌日に提出した場合に、１日間または２日間だけの損益を取り出し、通常の決算とは別の決算を組むということは、企業の決算実務に多大な事務負担を負わせることになる。そこで今回、次の要件を満たすときは、新設合併設立法人の設立最初事業年度の損益に含め申告できることを明らかにしたものだ。
要件は、１）合併期日が行政機関の休日にあたるため、その休日後の翌日に登記申請がされたこと、２）新設合併により解散した被合併法人の合併の日の前日を含む事業年度の損益については、各被合併法人において新設合併設立法人に帰属する旨の合意がなされ、その旨の合意文書の写しを確定申告書に添付すること、３）その新設合併が非適格合併に該当しないものであること、の３項目を満たすことだ。
国税庁が公表したＱ＆Ａの全文は↓
http://www.nta.go.jp/category/tutatu/sonota/houzin/6008/01.htm