国税庁がまとめた2006年分所得税等の確定申告状況によると、所得税の確定申告書を提出した人は前年を1.3%上回る2349万4千人となり、過去最高の数字を8年連続で更新した。公的年金受給者や医療費控除・住宅ローン控除の適用者などの増加による還付申告者が増加したことが要因と推測される。還付申告者数は、前年を2.4%上回る1225万3千人と過去最高となり、申告者全体の55%を占めた。
確定申告書提出者のうち、申告納税額がある人は、前年に比べ0.7%減の823万3千人となったが、その所得金額は同1.4%増の44兆3205億円、申告納税額は同8.4%%増の2兆8971億円となった。納税人員の減少は廃業増などによる事業所得者の減少、また、申告納税額の増加は定率減税の半減が要因と思われる。納税額は3年連続の増加となったものの、ピークの1990年分(6兆6023億円)の約44%に過ぎない。
所得税申告者のうち、譲渡所得の申告者は前年に比べ2.7%増の148万2千人。このうち所得金額がある人は同9.2%減の78万5千人、所得金額は同0.2%増の6兆7107億円となった。このうち、株式等譲渡所得の申告者は同4.2%増の93万8千人、うち所得金額がある人が同15.8%減の48万7千人、所得金額は同15.4%減の2兆6363億円だった。これらの申告者を除く譲渡申告者54万4千人は、前年を0.1%上回っている。
一方、2006年分の贈与税の申告者は、前年に比べ8.2%減の39万7千人、うち納税額がある人は同1.5%減の27万1千人、その納税額は同0.9%増の1177億円だった。1人あたりの納税額は43万円。贈与税の申告者のうち、相続時清算課税制度に係る申告者は8万3千人、うち納税額があった人は5千人、申告納税額は284億円だった。ほとんどが2500万円(住宅取得資金3500万円)の非課税枠内だった。