2008年度税制改正で焦点となっていた株式譲渡益と配当に対する軽減税率については、ともに2008年12月31日をもって10%軽減税率を廃止した上で、2009年1月から2011年12月までの2年間は、上場株式等の譲渡益は年間500万円以下の部分に限って市場特例措置として、また、上場株式等の配当は年間100万円以下の部分に限って少額配当の軽減措置として、ともに10%の軽減税率を適用する。
2009年1月から2年間の源泉徴収口座における源泉徴収税率(特別徴収税率)は10%の軽減税率とされ、年間の上場株式等の譲渡益の合計額が500万円以下の場合は確定申告が不要とされる。この場合、源泉徴収口座の上場株式等に係る譲渡益と源泉徴収口座以外の上場株式等に係る譲渡益の合計が500万円を超える場合は、その超える年分について源泉徴収口座の譲渡所得等に係る申告不要の特例は適用されない。
上場株式等の配当等についても、その年中の10%源泉徴収の対象となった金額の合計額が100万円以下の場合は申告不要制度の適用が受けられる。1年間に受け取る上場株式等の配当金等の合計額が100万円を超える場合は、100万円超の部分は税率20%が適用され、確定申告が必要となる。100万円を超えるかどうかの判定は、100万円基準の算定対象外となる年間配当1万円以下の銘柄に係るものを除いて判定する。
また、2009年1月以後に支払いを受ける上場株式等に係る配当所得については、20%の税率による申告分離課税を選択できる。年間配当100万円以下の場合は申告不要だが、総合課税によって配当控除を受けたほうが有利なときは、総合課税を選択できるわけだ。以上、当面2年間は税率が2段階となったことなどから、投資家のなかには申告が必要なケースも出てくるので、事務負担が増す可能性もある。