東京税理士会が実施した2008年度税務調査アンケート集計結果(有効回答1469会員)によると、今年6月までの1年間に受けた調査件数は総計3286件で、全体では1人(法人)平均2.2件と前年(3.6件)から1.4件減少した。また、調査通知の内訳記入のあった3195件のうち、事前通知のあったものは3008件で94.1%(前回比0.7%増)。このうち税理士へ調査通知が行われたのは2833件で88.6%(同0.9%増)となっている。
調査の通知がありの場合で理由開示を求めたとき回答ありは33.1%(前回比7.6ポイント増)、求めたが回答なしは8.8%(同0.2ポイント増)だった。一方、内容記入のあった3286件の調査結果は、「申告是認」が23.8%(前回比0.5%減)、「修正申告」は73.2%(同1.7%減)、「更正」は3.0%(同1.2%増)だった。修正申告及び更正のうち、重加算税が賦課されたものは25.7%に達して、前年度より2.1ポイント増えている。
調査日数については、「1日」で終了したものが23.5%(前回比3.2%増)、「2日」が48.2%(同5.8%減)となっており、合計で7割を超えている。一方、「3~4日」が18.7%(同1.6%増)、「5日以上」が9.6%(同1.0%増)で、3日以上にわたる調査も依然多くみられる。調査における税理士の立会い件数は、全体の96.8%を占める3182件で、当然のことながら税理士が立ち会っている場合が圧倒的に多い。
法33条の2の書面添付制度に関しては、書面の提出枚数は2271枚で、前年度の1564枚より707枚ほど増加している。事前の意見聴取件数は86件(意見聴取記録の作成件数33件)で、意見聴取後に税務調査が行われたのは31件と、意見聴取をしたものの調査が行われたケースも36%にのぼり、「意見聴取が形式的なものにとどまり、制度の趣旨が尊重されていない」との意見も税理士から上がっている。