東京税理士会が発表した2009年度税務調査アンケート集計結果によると、回答した1323会員が2009年6月までの1年間に受けた調査件数は総計3806件で、1人平均2.9件と前年度から0.7件増加した。また、調査日数は、「1日」が前年度比0.3%増の23.8%、「2日」が同4.0%増の52.2%と合計で8割近い。一方、「3~4日」が同2.0%増の16.7%、「5日以上」が同2.3%減の7.3%と、3日以上にわたる調査も依然多くみられる。
調査にあたって事前に通知があったものは98.0%で前年度より3.9%増と、2年連続で増加した。また、調査内容については、「帳簿・証ひょう」の調査を基本とする傾向(84.9%)が依然として続いている。税理士の調査立会い件数は全体の98.1%を占めた。立ち会わなかった主な理由は、例年同様、調査が重なったことや事前に通知がなかったなどのほか、電話及び資料の提出のみで解決したとの回答がみられた。
一方、調査結果をみると、「申告是認」が前年度から1.7%増の25.5%、「修正申告」は同0.2%増の73.4%と7割を超え、「更正」は同1.9%減の1.1%。修正申告及び更正のうち重加算税処分となったものは、同4.7%減の21.0%だった。また、申告是認のうち、書面で通知があったものは12.1%と前年度より2.0%減少し、今後より一層、書面での通知が励行されることが期待されるとしている。
なお、調査総件数における調査官の態度は、「よい」が41.4%(前年度比4.8%減)、「悪い」が5.9%(同0.2%減)となっている。よい例としては、法令に則った指摘で納得できた、効率がよかったなどであり、悪い例では逆に、法令解釈に無理がある、知識不足、納税者(税理士)の説明を聞かない、効率が悪く長期間の調査となった、ビジネスマナー(高圧的態度、言葉づかい、挨拶など)に欠けるなどが目立ったという。