国土交通省が発表した「2006年度住宅市場動向調査」では、住宅ローンを有する世帯のうち、住宅ローン減税制度の適用を受けた世帯の割合は、注文住宅及び分譲住宅で約85%、中古住宅では50%弱だったことが明らかになった。中古住宅の場合は、築後20年(耐火建築物は築後25年)以内という制度の適用要件を満たさないものが多く含まれていたと考えられる。調査対象の住宅は2005年1月1日以降に取得したもの。
調査結果によると、住宅ローンを有する世帯は、注文住宅(979件)の64.4%、分譲住宅(798件)の66.4%とともに約65%を占めたのに対し、中古住宅(385件)の50.4%にとどまった。また、住宅ローンを有する世帯のうち、住宅ローン減税制度の適用を受けた世帯は、注文住宅が85.7%、分譲住宅が86.0%に対し、中古住宅では48.5%だった。中古住宅では、制度の適用を受けられなかった築年数が古いものがあったとみられている。
住宅ローン減税制度の適用要件としては、築後経過年数がマンション等耐火建築物の場合は25年、木造等の場合は20年以内という条件があるが、2005年度税制改正において、耐震性を満たす中古住宅については築後経過年数を撤廃。2005年4月1日以降に取得した住宅については、築後20年(耐火建築物は築後25年)を経過したものでも、新耐震基準に適合するものであれば住宅ローン減税制度が適用される。
なお、住宅のタイプ別の資金総額は、注文住宅(住宅建築費+土地購入資金)が4315.5万円、分譲住宅が3703.1万円、中古住宅が2266.0万円だった。自己資金比率は、注文住宅と中古住宅では約40%であるのに対し、分譲住宅は32.5%。また、住宅ローンを有する世帯の年間支払額は、注文住宅(626件)では128.1万円、分譲住宅(636件)では124.0万円であるのに対し、中古住宅(230件)は101.5万円と少ない。