国税庁の定員は、2005年度は1997年度以来8年ぶりの純増5人となったが、2006年度は再び▲26人の純減となった。この背景には、2005年12月6日に閣議決定された2006年度予算編成の基本方針の下、非現業の国家公務員全体で過去最高の▲1362人の純減を行うという厳しい状況がある。
しかし国税庁は、税務行政の困難性や歳入官庁としての重要性、消費税法改正などの緊急の諸課題への対応の必要性などを強く訴えた結果、1030人の新規増員が認められた。一方、新たな定員合理化計画に基づく合理化目標数などが▲1056人であることから、2006年度末定員は昨年度末より26人少ない5万6159人となる。
また、国税庁の2006年度予算は前年度を77億5100万円(1.1%)上回る7234億5100円。主な経費をみると、酒税法やたばこ税改正など税制改正関係経費が前年度を67.9%上回る58億9600万円、納税者利便向上経費が同10.5%増の119億4700万円、国際化対策経費が同11.3%増の8億5500万円などが目立つ一方、KSK(国税総合管理)システム関係など情報化経費は9.8%(54億7200万円)減の505億6300万円となった。
機構面では、困難化する調査・徴収事務等への対応のため、国税局に広域情報管理課を、税務署に評価公売専門官・評価専門官・特別国税徴収官を増設する。また、国際化・情報化等への対応のため、国税局に主任国際税務専門官・国際情報審理官・情報技術専門官を、国税局・税務署に国際税務専門官を、税務署に審理専門官をそれぞれ増設。納税環境の整備に向けては、国税局に納税者支援調整官を増設する。