国税庁の定員は、2008年度は32人の純増だったが、2009年度は24人の純増となり年度末定員は5万6240人となることが、国税庁が発表した2009年度予算(案)の概要で明らかになった。国家公務委員の定員については厳しい状況がある。2008年12月3日に閣議決定された2009年度予算編成の基本方針では、非現業の国家公務員全体で2008年度(▲4030人)から約3.7倍増となる過去最高の▲1万4713人の純減となった。
しかし国税庁は、税務行政の困難性や歳入官庁としての重要性などを強く訴えた結果、1039人の新規増員が認められた。一方、新たな定員合理化計画に基づく合理化目標数などが▲1015人であることから、24人の純増となった。また、機構面では、経済の国際化への対応やコンプライアンスの維持・向上、審理事務等の充実のための機構の増設、今年7月から全署で実施する内部事務一元化のための機構の新増設が認められている。
国税庁の2009年度予算は前年度を22億1700万円(0.3%)下回る7204億5600万円となった。主な経費をみると、e-Tax(電子申告)運用経費や電話相談事務の集中化に必要な経費、ITによる納税者への情報等提供経費などの「納税者利便向上経費」が138億4700万円(対前年比10.3%増)、「税制改正関係経費」が21億6900万円(同4.9%増)と増加したほかは、すべての経費が前年比マイナスとなっている。
「庁局署一般経費等」は609億5300万円(対前年比3.0%減)のほか、KSK(国税総合管理)システムや国税庁情報ネットワーク運用経費などの「情報化経費」が474億4500万円(同1.5%減)となった。なお、税制改正関係経費は、住宅ローン減税の延長及び拡充経費や、取引相場のない株式等に係る相続税の納税猶予制度等の創設経費など2009年度税制改正での納税者への周知・広報経費などだ。